Органами самоуправления Учреждения являются Наблюдательный совет, общее собрание трудового коллектива Учреждения, Педагогический совет, Совет Учреждения, Методический совет (Устав Учреждения, п.7.3.)

Учреждение имеет структурное подразделение – «Школу общего музыкального образования». Структурное подразделение Учреждения, под руководством директора автономного учреждения дополнительного образования города Калининграда «Детская музыкальная школа имени Р.М. Глиэра», находится с ней по одному адресу и использует единый имущественный комплекс, проходит лицензирование совместно с МАУ ДО города Калининграда «Детская музыкальная школа им. Р.М. Глиэра» в порядке, установленном Законом РФ «Об образовании».